Application of the “HELFIT” program for the analysis of protein secondary structures
Илтгэсэн хурлын нэр: The Ninth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2011)
Илтгэгч: Д.Батхишиг
Хамтран илтгэгч: [Д.Батхишиг:07.EID040]
Илтгэсэн огноо: 2011-04-02
Илтгэлийн хураангуй: β-эргэлт 4 аминхүчлээс тогтох ба (i+1) болон (i+2)-р аминхүчлийн φ, ψ өнцөг, Cα(i), Cα(i+3) атомуудын хоорондох зайгаар нь 9 ангилдаг. Бид уургийн 3-хэмжээст бүтцийн уургийн өгөгдлийн сан (PDB)-аас дарааллууд нь 75%-иас их ялгаатай, ≤1.6Å нарийвчлалтай, R-утга ≤0.25 байх 5461 уургийн өгөгдлийг авлаа, DSSP программаар уургийн хоёрдогч
бүтцийн оноолтыг гүйцэтгэн I ба II төрлийн нийт 452 β-эргэлтийг тодорхойлов.
HELFIT
программаар β-эргэлтийн хеликсийн
тэнхлэг дагуух нэг эргэлтэд оногдох шилжилт буюу алхам P, нэг эргэлтэд
оногдох аминхүчлийн тоо n, хеликсийн
радиус r,
хеликсийн p=rmsd/sqrt(N-1), нэг
аминхүчилд ноогдох шилжилт Δz=P/N параметрүүдийг тодорхойлов.
I,
II төрлийн β-эргэлтүүдийн
хеликсийн параметрүүд нь статистикийн хувьд мэдэгдэхүйц ялгаатай байгаа
бөгөөд эдгээр параметрүүдийн ялгааг β-эргэлтийг ангилахад хэрэглэж болох юм.
